明治十年，剑心、弥彦、阿薰、左之助一行乘火车来至横滨，甫至此地，便因与几个S扰年轻女子的外国士兵发生争端，且因此结识了正直的武士时雨泷魁，他们很快成为好朋友。
时Z治格局仍动荡不安，诸多反抗明治的志士不断向政府机关以及外国大使馆发动袭击。而时雨正是所谓“新维新”运动的领导者，明治以前，他曾是佐幕派彰义队的领袖之一，其好友“鬼斩”高槻严达即死在拔刀斋剑心的刀下，而被他们所搭救的女孩朱鹭正是严达的女儿。
造物弄人，让这些恩怨纠缠的人以如此方式重逢。得知一切的剑心决定不顾一切阻止好友袭击Z府的行动。而另一方面，野心家田母野打算借镇压叛乱分子的良机图谋不轨……有人羡慕，有人嫉妒。也有人在冷眼看着，等着看开车的家伙怎么死这些人认为敢在大街上跑来跑去的家伙，再厉害，早晚也会死在那些神出鬼没的怪兽嘴里。
