来自异次元的种族MU占领了东京,并将城市隐藏在巨大的防护壁之后,他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外,名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某日,在同MU激烈交火之时,一位名为神名绫人(下野紘 配音)的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中,在这里,绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”,并且成为了它的驾驶者。
在神秘女子的紫东遥(久川绫 配音)的带领下,绫人来到了防护壁之外,加入了TERRA,并且在那里遇见了名为如月久远(桑岛法子 配音)的女子。MU组织对TERRA发起了进攻,当TERRA的存亡陷入危机之中时,绫人再一次驾驶着Rahxephon,成为了这个组织的救世主。有了这辆箱车,一路上就算遇到一只两只怪兽,也能直接撞死它了,苏云和陶艺待在后面的车厢里也很安全,比那辆只剩下前面一块挡风玻璃的蓝车好多了,可以给苏云和陶艺活动的空间也大多了。